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Inaugurada em 08 de maio de 1992, a Seção Judiciária do Tocantins foi criada pela Lei nº 8.251/91 e instalada em 25 de fevereiro de 1992, por meio da Portaria 01/92, do Tribunal Regional Federal da 1ª Região (TRF1). Os trabalhos tiveram início na data da inauguração, sob a titularidade do juiz federal João Batista Gomes Moreira, também designado para exercer a função de primeiro Diretor do Foro. A magistrada Ionilda Maria Carneiro Pires foi a primeira juíza federal lotada na Seção Judiciária do Tocantins, em 26 de julho de 1992.

No dia 09 de abril de 1996 foi assinada a Resolução nº 08, do Tribunal Regional Federal da 1ª Região, declarando implantada a 2ª Vara da Seção Judiciária do Tocantins. Em 25 de abril de 1996, o juiz federal Marcelo Dolzany da Costa passou a responder pela titularidade plena da Seção Judiciária do Tocantins.

Os Juizados Especiais Federais como Serviço Destacado foram instalados em 1º de abril de 2002, sob a responsabilidade da juíza federal substituta da 2ª Vara, Edna Márcia Silva Ramos.

Em 22 de outubro de 2003, foi instituída a Turma Recursal do Juizado Especial Federal da Seção Judiciária do Tocantins, compostas pelos seguintes magistrados: Marcelo Velasco Nascimento Albernaz (presidente), Alderico Rocha Santos (membro-titular), Marcelo Eduardo Rossito Bassetto (membro-titular), Marcus Vinícius Reis Bastos (membro-suplente) e Rafael Paulo Soares Pinto (membro-suplente).

No ano seguinte, em 12 de abril de 2004, foi inaugurado o Juizado Virtual da Seção Judiciária do Tocantins. Já em 18 de fevereiro de 2005, o Tocantins passou a contar com a 3ª Vara Federal, destinada ao Juizado Especial Federal (JEF), que funcionava como serviço destacado, desde 2002. À época, o juiz federal Wesley Wadim Passos Ferreira de Souza foi designado para responder pela titularidade da Vara e pela coordenação do JEF.

A Subseção Judiciária de Araguaína foi instalada no dia 16 de novembro de 2010, em atendimento à Resolução CJF nº 102/2010, O juiz federal Aníbal Magalhães da Cruz Matos assumiu a titularidade da Primeira Vara e a direção da Subseção. Com jurisdição sobre mais de 50 municípios da Região Norte do Estado, a subseção é composta atualmente por duas varas e pelo Juizado Especial Federal (JEF).

Em 22 de junho de 2011, foi inaugurada a Subseção Judiciária de Gurupi, criada pela Lei 12.011, de 04 de agosto de 2009. A Subseção compõe-se de Vara Única, com competência geral e Juizado Especial Federal Adjunto cível e criminal. Sua jurisdição abrange 35 municípios tocantinenses. Os trabalhos tiveram início no dia 24 de junho de 2011, sob a titularidade do juiz federal Márcio José de Aguiar Barbosa, diretor da Subseção.

Em 24 de junho de 2013, o presidente do TRF 1ª Região, desembargador federal Mário César Ribeiro e a diretora do foro da Seção Judiciária do Tocantins, juíza federal Denise Dias Dutra Drumond, inauguraram a 1ª etapa da nova sede da Justiça Federal, com 6 pavimentos. A obra foi iniciada em 2009 e contou com o apoio da bancada federal dos parlamentares do Tocantins (Deputados Federais e Senadores) para a destinação de recursos para a obra – cerca de 50% do total investido. A obra teve o custo total de 18 milhões de reais, aproximadamente.

O Edifício, que possui uma área construída de 6.545,85m² (divididos em seis pavimentos e subsolo com garagem privativa) abriga atualmente quatro varas federais, a Turma Recursal, a Diretoria do Foro e parte da estrutura administrativa do órgão.

Também, em 24 de junho de 2013, foi instalada a 4ª Vara Federal, especializada em matéria criminal com Juizado Especial Federal Adjunto, sob a titularidade do juiz federal Adelmar Aires Pimenta da Silva.

No dia 24 de novembro de 2014, o presidente do Tribunal Regional Federal da 1ª Região, desembargador federal Cândido Ribeiro, o Coordenador dos Juizados Especiais da 1ª Região, desembargador federal Reynaldo da Fonseca e a diretora do foro da Seção Judiciária do Tocantins, juíza federal Denise Dias Dutra Drumond, instalaram a Turma Recursal Permanente, com a seguinte composição: juiz federal José Márcio da Silveira e Silva (1º relator e presidente da TR); Gabriel Brum Teixeira (2º relator) e Bruno César Bandeira Apolinário (3º relator). Na data da instalação, 3.876 processos tramitavam na Turma Recursal do Tocantins.

Na mesma data, foi inaugurado também o Núcleo de Apoio ao Juizado Especial Federal. A estrutura, considerada inovadora na 1ª Região, proporcionou a convergência dos serviços num único espaço, garantindo mais conforto e comodidade aos usuários da Justiça Federal de Primeiro Grau no Tocantins.

Com uma área total de 191m², o Núcleo possui dois consultórios para perícias, uma sala de conciliação, um escritório modelo com atendimento de duas universidades e uma ampla e confortável sala de espera, com capacidade para 80 pessoas.

Com a presença do presidente do Tribunal Regional Federal da 1a Região, Desembargador federal Hilton Queiroz, no dia 10 de outubro de 2016, foi instalada, no edifício-sede da SJTO, em Palmas, a 5a Vara Federal - especializada em Juizado Especial Federal (JEF) e Execução Fiscal. A nova unidade foi criada com a titularidade do juiz federal Jucélio Fleury Neto.

Durante a cerimônia que marcou a concretização de uma importante demanda da região norte do Tocantins, no dia 16 de outubro de 2017, foi inaugurada a nova sede da Subseção Judiciária de Araguaína (TO) e instalada a 2ª Vara Federal do município, sob a titularidade do juiz federal Francisco de Assis Garcês, com competência geral e Juizado Especial Federal Adjunto. A criação da 2ª Vara da Subseção Judiciária de Araguaína foi instituída no dia 13 de janeiro de 2016, por meio da Lei nº 13.252/16, sancionada pela então presidente Dilma Rousseff. 

A Justiça Federal de Primeiro Grau no Tocantins conta hoje em seus quadros com 14 juízes federais - 11 titulares e 3 substitutos, e com 214 servidores, em pleno exercício.