Em 16 de novembro de 2010, foi instalada a Subseção Judiciária de Araguaína, em atendimento à Resolução nº 102, do Conselho da Justiça Federal e sob a titularidade do juiz federal Aníbal Magalhães da Cruz Matos.

Durante a cerimônia que marcou a concretização de uma importante demanda da região norte do Tocantins, no dia 16 de outubro de 2017, foi inaugurada a nova sede da Subseção Judiciária de Araguaína (TO) e instalada a 2ª Vara Federal do município, sob a titularidade do juiz federal Francisco de Assis Garcês, com competência geral e Juizado Especial Federal Adjunto. A criação da 2ª Vara da Subseção Judiciária de Araguaína foi instituída no dia 13 de janeiro de 2016, por meio da Lei nº 13.252/16, sancionada pela então presidente Dilma Rousseff. Com a ampliação da Justiça Federal, em Araguaína, a juíza federal Roseli Ribeiro continuou com a titularidade da 1ª Vara Federal.

A Subseção de Araguaína é composta por duas varas e o Juizado Federal Especial (JEF). Atende mais de 50 municípios da Região Norte do Estado.