A Proclamação da República em 1889 foi um divisor de águas para o sistema judiciário brasileiro. Com a nova forma de governo, surgiu a necessidade de reorganizar o Judiciário para se adequar ao regime republicano. O Decreto nº 848, de 11 de outubro de 1890, estabeleceu a coexistência de duas magistraturas: a federal e a estadual, com competências distintas, delineando a estrutura do sistema judiciário no Brasil republicano. A Constituição de 1937, durante o Estado Novo, extinguiu temporariamente a Justiça Federal, centralizando o poder no Executivo e enfraquecendo o Judiciário. No entanto, a Constituição de 1946 trouxe mudanças significativas, restaurando parcialmente a Justiça Federal com a criação do Tribunal Federal de Recursos (TFR), embora a Justiça Federal de 1ª Instância não tenha sido restabelecida. O regime militar, iniciado em 1964, trouxe novas alterações com o Ato Institucional nº 2, que recriou a Justiça Federal de 1ª Instância.
A Lei nº 5.010, de 30 de maio de 1966, estruturou a Justiça Federal no modelo que conhecemos hoje, e a Lei nº 5.677, de 15 de julho de 1971, regulamentou o provimento de cargos de Juiz Federal Substituto exclusivamente por concurso público. A Constituição Federal de 1988 representou um marco na consolidação da Justiça Federal, com a criação dos cinco Tribunais Regionais Federais (TRFs), que substituíram e regionalizaram a jurisdição do extinto TFR. Esses tribunais foram inaugurados em 30 de março de 1989, com sedes em Brasília, Rio de Janeiro, São Paulo, Porto Alegre e Recife, cada um responsável por uma região do país. Essa evolução demonstra o compromisso do Brasil com um sistema judiciário federal robusto e independente, capaz de adaptar-se às necessidades de um país em constante transformação. A Justiça Federal continua a ser um pilar essencial na interpretação das leis federais e na proteção dos direitos garantidos pela Constituição.