Através da Lei 5.010, 30 de maio de 1966, a Justiça Federal é estruturada na forma que atualmente conhecemos. Foram criados os cargos de Juiz Federal Substituto, com provimento por Concurso Público, cada Vara dispunha de um cargo de Juiz Federal e um cargo de Juiz Federal Substituto. Nos anos 70 e 80 iniciou uma gradativa ampliação de sua estrutura, com a criação de novas varas e cargos de juízes federais e com a efetivação da interiorização. A instalação de varas federais nas cidades do interior facilitou o acesso à jurisdição, aproximando o jurisdicionado do poder judiciário. Com a restauração da democracia após o fim do período da ditadura militar e a constituição de 1988, a estrutura do judiciário foi modificada novamente, com a extinção do Tribunal de Recursos e, criado no seu lugar, O Superior Tribunal de Justiça e os cincos Tribunais Regionais Federais.
A Seção Judiciária do Território Federal de Rondônia foi criada pela Lei no 5.010, de 30 de maio de 1966, compondo, juntamente com os Estados de Goiás, Mato Grosso e Minas Gerais, a Região Judiciária do Centro-Oeste. Sua Instalação ocorreu em 1967, nos altos de um prédio localizado na Avenida 7 de Setembro, no centro da cidade de Porto Velho. Na condição de Juiz Federal Substituto, tomou posse, no dia 25 de abril, o Juiz Eli Gorayeb.