A Justiça Federal em Goiás compõe-se de 16 (quinze) Varas em Goiânia, 8 (oito) no interior e 2 (duas) Turmas Recursais dos Juizados Especiais Federais, assim dispostas:

Goiânia (Seção Judiciária):
1ª, 2ª, 3ª, 4ª, 6ª, 8ª e 9ª: vara cível e juizado especial federal cível (ações residuais);
5ª e 11ª: vara criminal e juizado especial federal criminal;
7ª, 10ª e 12ª: vara de execução;
13ª, 14ª, 15ª e 16ª: vara de juizado especial federal cível (ações previdenciárias e assistenciais);
1ª e 2ª Turmas Recursais: segunda instância dos juizados especiais federais.

Aparecida de Goiânia:
Vara única de juizado especial federal cível e criminal

Anápolis, Formosa, Itumbiara, Jataí, Luziânia, Rio Verde e Uruaçu (Subseção Judiciária):
Vara única de competência geral e juizado especial federal adjunto cível e criminal.

Varas

Em cada uma há dois juízes, o Titular e o Substituto, nomeados mediante aprovação em Concurso Público de Provas e Títulos. O processo que tenha recebido número par vai para o Juiz Titular, e o de número ímpar, para o Juiz Substituto.

A Vara, além dos dois gabinetes dos juízes, possui uma secretaria (cartório), que é composta de seções de Execuções (cíveis ou criminais), de processamentos e procedimentos diversos (ou criminais) e de Atendimento e Informações Processuais. Os Diretores de Secretaria, os Chefes de Seção e os Oficiais de Gabinete são bacharéis em Direito.

Além da área fim, a Seção Judiciária possui uma área administrativa, composta principalmente pela Diretoria do Foro e pela Secretaria Administrativa.

Diretoria do Foro

Tem como objetivos gerais exercer a administração geral da Seção Judiciária e representá-la junto às autoridades. O Diretor ou Diretora do Foro é escolhido a cada dois anos pelo Tribunal Regional Federal da 1ª Região entre os Juízes Titulares da Seccional, segundo critérios de antiguidade e obedecendo a um revezamento.

Secretaria Administrativa

Tem como objetivos gerais planejar, dirigir e promover no âmbito da Seção Judiciária, os serviços administrativos e os de apoio judiciário, de acordo com a orientação normativa emanada do TRF-1ª Região.