A denúncia contra a ex-presidente da Fundese, contra o ex-prefeito de Camaçari e contra a própria Fundação foi feita pelo Ministério Público Federal. Segundo o MPF, durante a gestão do ex-prefeito foi firmado convênio entre o município e o Departamento Nacional de Infraestrutura de Transportes para a elaboração do projeto executivo de engenharia da variante ferroviária de Camaçari. O acordo, que resultou na contratação direta da Fundese, por intermédio de processo de inexigibilidade de licitação, previa a liberação de recursos da União na ordem de R$ 2 milhões e contrapartida do município no valor de R$ 105.263,00.
Para o Ministério Público, o contrato não deveria ter sido firmado sem a realização de licitação. Isso porque não estão caracterizadas a inviabilidade de competição, a natureza singular dos serviços contratados e a notória especialização da empresa, com base no art. 25 da Lei n.º 8.666/1993, a justificar a ausência de licitação. No entendimento do autor da denúncia, tais atos importaram em enriquecimento ilícito e prejuízo ao erário, o que caracteriza improbidade administrativa.
A 14ª Vara entendeu que ficou comprovada a prática do ato de improbidade administrativa, razão pela qual determinou a indisponibilidade dos bens da ex-presidente da Fundese. no TRF1 a fundação sustentou que não foi constatado prejuízo ao erário ou conduta ilícita ou enriquecimento indevido para legitimar o bloqueio de todos os seus bens. Afirmou também que o convênio entre o Ministério dos Transportes e o Município de Camaçari foi integralmente cumprido.
O relator do processo, juiz federal convocado Marcus Vinícius Reis Bastos, acolheu os argumentos da ex-presidente da Fundese. Para o magistrado, os requisitos que ensejariam a indisponibilidade dos bens não estão presentes. "
O agravado admite que, apesar de ter ocorrido a dispensa de licitação na execução do Projeto Executivo de Engenharia da ligação Ferroviária entre o Polo Petroquímico de Camaçari e o Porto de Aratu, as obras foram concluídas. Logo, não se pode afirmar, por ora, quais seriam os valores de eventual dano ao erário", ressaltou. a mera dispensa de licitação não justifica a decretação de indisponibilidade de bens no valor total do convênio, nem mesmo do lucro obtido pela Fundese".
O julgador completou: "
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