A Medalha do Mérito Judiciário Ministro Nelson Hungria objetiva homenagear personalidades de reconhecida capacidade científica, cultural ou profissional bem como servidores da Justiça Federal. Assim como ocorre com o Colar, anualmente podem ser concedidas até três medalhas. O primeiro detentor da honraria foi o atual Diretor-Geral do Tribunal, Felipe dos Santos Jacinto, agraciado pelo então Presidente Anselmo Santiago, em 18 de dezembro de 1991.

1991. Até a presente data receberam a Medalha as seguintes autoridades:

Entregues pelo Desembargador Federal Anselmo Santiago

• 18/12/1991 Felipe dos Santos Jacinto
  

Entregues pelo Desembargador Federal Tourinho Neto

• 15/12/2000 Luís Nassif 
• 15/12/2000 Maria do Carmo Vieira Gomar 
• 15/12/2000 Wander Rocha Tanure 
• 12/04/2002 Everardo de Almeida Maciel